淤泥的处理方式主要取决于是否污染及污染物种类，对无污染或轻污染的淤泥可以进行资源化处理，而对污染物超过相关标准的淤泥则首先考虑降低污染水平到相关标准之下。

淤泥从本质上属于工程废弃物，按照固体废弃物处理的减量化、无害化、资源化原则，应尽可能对淤泥考虑资源化利用，例如农村地带可将没有重金属污染但氮、磷含量比较丰富的淤泥进行还田，成为农田中的土壤。利用淤泥的资源化利用技术是国际上很多发达国家常采用的处理方法。

当淤泥中含有某些特殊污染物如重金属或某些高分子难降解有机污染物而无法去除，进行资源化利用会造成二次污染。这时就需要对其进行一步到位的处置，即采用措施降低其生物毒性后进行安全填埋，并需相应做好填埋场的防渗设置。